河川の下流域や水路、水田地帯にはドジョウやスジシマドジョウの仲間が多くみられます。また、地域によっては湧水がながれる細流にホトケドジョウやエゾホトケドジョウがみられます。琵琶湖に分布するオオガタスジシマドジョウは普段は湖内で生活しますが、繁殖期には周辺の河川や水路に
遡上する生態をもっています。